К третьему (методическому) уровню относятся методические указания, инструкции, письмо и другие документы методического характера Министерства финансов РФ (Инструкция о порядке составления и представления годовой и квартальной отчетности от 21.01.05г., по инвентаризации методические указания).

При проведении инвентаризации в бюджетных учреждениях следует руководствоваться соответствующими статьями Закона о бухгалтерском учете и методологическими указаниями по инвентаризации имущества и финансовых обязательств, утвержденными приказом Минфина России от 13 июня 1995г.

№ 49.

Приказом Минфина России от 23 сентября 2005г. №123н утверждены формы регистров бюджетного учета для органов государственной власти РФ, федеральных государственных учреждений. Эти формы должны применяться при ведении учета наравне с унифицированными.

Четвертый уровень представляет локальные документы главных распорядителей средств бюджетов, учетная политика бюджетного учреждения и другие внутренние документы учреждения.