Важнейшее место в системе финансового контроля со стороны Правительства РФ занимает Министерство финансов РФ (Минфин), которое не только разрабатывает финансовую политику страны, но и непосредственно контролирует ее осуществление. Все структурные подразделения Минфина в той или иной форме контролируют финансовые отношения. Прежде всего Минфин осуществляет финансовый контроль в процессе разработки федерального бюджета; контролирует поступление и расходование бюджетных средств и средств федеральных внебюджетных фондов; участвует в проведении валютного контроля; контролирует направление и использование государственных инвестиций, выделяемых на основе решений Правительства РФ.

По результатам контроля Минфин вправе требовать устранения выявленных нарушений; ограничивать и приостанавливать финансирование из федерального бюджета предприятий и организаций при наличии у них фактов незаконного расходования средств, а также непредставления ими соответствующей отчетности; взыскивать государственные средства, используемые не по назначению, с наложением предусмотренных штрафов.

Оперативный контроль использования государственных средств осуществляет действующий в рамках Минфина Департамент государственного финансового контроля и аудита, а также органы Федерального казначейства.

Департамент государственного финансового контроля и аудита Минфина РФ, созданный Постановлением Правительства РФ от 6 марта 1998 г., является преемником Контрольно-ревизионного управления Минфина РФ. Департамент и его территориальные подразделения обязаны проводить комплексные ревизии и тематические проверки с целью контроля поступлений и целевого использования средств федерального бюджета и государственных внебюджетных фондов; документальные проверки финансово-хозяйственной деятельности по заданиям правоохранительных органов, а также органов государственной власти субъектов РФ и местного самоуправления.

Органы Федерального казначейства призваны осуществлять государственную бюджетную политику; управлять процессом исполнения федерального бюджета, осуществляя при этом жесткий контроль поступления, целевого и экономного использования государственных средств.

Помимо рассмотренных выше органов финансового контроля, в России существует ряд специализированных органов финансового контроля, сферой деятельности которых является конкретная область финансов, например налогообложение или страхование.

В связи с повышением роли налогов в доходах государства при переходе к рыночной экономике стало необходимым выделение органов налоговой службы в особую систему. Главная задача налоговых органов - обеспечение единой системы контроля за соблюдением налогового законодательства, правильностью исчисления, полнотой и своевременностью уплаты налогов и других обязательных платежей.

Система налоговых органов, подчиняющаяся Президенту РФ, включает Федеральную налоговую службу, а также государственные налоговые инспекции в субъектах РФ и органах местного самоуправления. Основное оперативное звено - городские и районные налоговые инспекции, поскольку именно они осуществляют непосредственный налоговый контроль и ведут учет налогоплательщиков. В свою очередь Федеральное налоговое ведомство контролирует деятельность нижестоящих налоговых органов, координирует взаимодействие органов налоговой службы с другими контролирующими и правоохранительными органами.

Особая роль в осуществлении финансового контроля принадлежит Центральному банку России (ЦБР). Как орган государственного управления, наделенный властными полномочиями, он организует и контролирует денежно-кредитные отношения в стране. ЦБР осуществляет надзор за деятельностью коммерческих банков. С этой целью создано специальное подразделение - Департамент банковского надзора, который проверяет соблюдение коммерческими банками банковского законодательства и установленных ЦБР нормативов банковской деятельности.