Порядок составления и представления отчётности бюджетными учреждениями и иными органами, использующими Инструкцию по бюджетному учёту, регулируется отдельными нормативными актами Минфина России.

Положения по бухгалтерскому учёту (стандарты), утверждённые приказами Минфина России, в бюджетных учреждениях не применяются.

Как следует из п. 2 Инструкции по бюджетному учёту, бюджетный учёт в учреждениях (под которым в соответствии с п. 1 Инструкции по бюджетному учёту понимаются органы государственной власти, органы управления государственных внебюджетных фондов, органов управления территориальных государственных внебюджетных фондов, органы местного самоуправления и созданные ими бюджетные учреждения) организуется и ведётся в соответствии с государственной учётной политикой, основные элементы которой установлены в Инструкции по бюджетному учёту. Это можно трактовать так, что учётная политика в каждом конкретном учреждении не разрабатывается и не утверждается - это сделано централизовано в самой Инструкции. Однако то обстоятельство, что Инструкция по бюджетному учёту применяется при организации и ведении учёта на разных уровнях и участках бюджетного процесса, предполагает наличие существенных специфических различий в ведении бюджетного учёта отдельными его субъектами (в частности, учёт в воинской части будет принципиально отличаться от учёта в академии наук).

Из отдельных норм Инструкции по бюджетному учёту можно сделать вывод о том, что в учреждении должны быть разработаны и приняты как минимум следующие внутренние нормативные акты:

приказ об организации бухгалтерской службы;

приказ о назначении комиссии по расследованию причин пропажи или уничтожения первичных учётных документов и регистров бюджетного учёта (п. 6);

приказ о выдаче из кассы наличных денежных средств раздатчикам (п. 94);

приказ (распоряжение) о назначении комиссии для списания мягкого и хозяйственного инвентаря (п. 21);

приказ (распоряжение) о назначении комиссии для списания материальных запасов (п. 59);

приказы о зачислении, увольнении и перемещении сотрудников в соответствии с утверждёнными штатами и ставками заработной платы (прим. к ф. 0604А01);

приказ о назначении лиц, ответственных за ведение табеля учёта использования рабочего времени и расчёта заработной платы;

приказ (распоряжение) о назначении комиссии для списания бланков строгой отчётности (п. 236);

приказ (распоряжение) о проведении инвентаризации (п. 7).

При разработке этих и других документов необходимо учитывать два аспекта: организационный и методологический. При этом нужно иметь в виду следующие особенности (для удобства восприятия использована нумерация элементов, соответствующая стандартной нумерации, применяемой при формировании учётной политики коммерческих организаций).

1. Организация бухгалтерской службы. В учреждениях бюджетный учёт исполнения сметы доходов и расходов учреждения в зависимости от объёма учётной работы ведётся самостоятельным структурным подразделением (централизованной бухгалтерией), возглавляемым главным бухгалтером, или главным бухгалтером (бухгалтером) в случаях отсутствия самостоятельного структурного подразделения. Все структурные подразделения, входящие в состав учреждения, а также учреждения, обслуживаемые централизованными бухгалтериями, обязаны своевременно передавать в бухгалтерию необходимые для бюджетного учёта и контроля документы (копии выписок из приказов и распоряжений, относящиеся непосредственно к исполнению сметы доходов и расходов, а также всякого рода договоры, акты выполненных работ и др.).